針對有媒體報道稱D12次列車晚點是由于制動系統出現了問題，并對動車組列車運行的安全可靠性提出質疑，王勇平代表鐵道部澄清稱，列車出現晚點主要緣于動車組司機對列車特有的自動保護裝置使用不夠熟練，處置不夠得當。列車中途突然停車并不是發生了危及列車安全方面的故障，更不是制動系統失靈，而是動車組控制系統保證運行安全的自動保護裝置在發揮作用。

　　王勇平解釋說，動車組自動保護裝置是一個嚴密復雜的系統，列車運行中無論是線路、供電、信號以及動車組的任何一個系統，或各系統之間的接合部出現不匹配的問題，都會采取自動保護措施，出現停車現象，從而造成晚點，“北京至沈陽北的D11/12次出現的晚點現象，就是上述原因造成的”。

　　王勇平表示，經過一段時間的運行磨合，動車組列車的正點率會得到提高。